lncRNA芯片

lncRNA芯片

一、lncRNA芯片

长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子,它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。人们对lncRNA的认识还处在初级阶段,lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切的关系。lncRNA的种类远远超过编码RNA,哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%)。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。
lncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法(SELEX等)效率低下,假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点,因此用基因芯片来筛选lncRNA是一种准确快捷的方法。

二、lncRNA技术特点:
1)目前市面上探针密度最高的lncRNA芯片产品;
2)芯片采用Agilent eArray平台设计,使用Agilent SurePrint技术合成,技术重复性高于99%;
3)覆盖主流数据库所有lncRNA,可同时检测lncRNA和mRNA,并挖掘两者之间的关联;
4)检出率高:随机引物扩增方式,可同时扩增带Ploy-A和不带Poly-A的lncRNA,确保更多的   lncRNA被检测出来;
5)提供完整lncRNA芯片数据分析解决方案。 

三、lncRNA芯片服务流程:

1、总RNA提取;

2、反转录合成cDNA;

3、体外转录合成cRNA;

4、随机引物合成正义链cDNA

5、DNA片段化,生物素标记;

6、芯片杂交、洗涤、染色、扫描。

四、样本要求:细胞、新鲜组织或总RNA样品

1、提取RNA量≥1ug;

2、细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)直接液氮冻存后,-80℃保存。

3、样品运输:细胞或者组织样品;或者总RNA样本置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。

五、应用:

筛选差异表达的lncRNA和mRNA、lncRNA功能注释、lncRNA调控机制预测

六、服务流程

 


【本平台合作项目】

分子诊断、病理诊断、药效学评价、毒理学实验、细胞药筛、动物建模、PDX模型、CRISPR/Cas9基因编辑、病理检测、基因芯片、蛋白组学、代谢组学、高通量测序、ChIPCO-IP、生物信息学分析、知识产权服务!

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