siRNA文库筛选

siRNA文库筛选

    基于siRNA全基因组文库的基因功能研究方法将实现高通量、低成本、超快速的功能研究,将为重要基因功能的筛选,疾病机制研究及药物研发等方面提供新的动力,大大加快人类功能基因组研究计划的进展。

    本平台的siRNA文库购自Thermo Fisher公司的Dharmacon品牌,以SMARTpool的形式保存于384孔板中,每条基因的对应孔位中同时含有4条不同序列的siRNAs(SMARTpool试剂),从而保证产生高效的基因沉默效果。人和小鼠的全基因组siRNA 文库均有,并可提供针对不同常见功能基因群的亚文库。不同文库中所包含的基因列表和位置信息如下:

 

A. Human ON-TARGETplus (OTP) 全基因组siRNA文库:18104 genes。

ON-TARGETplus是Dharmacon独特的siRNA修饰技术,可以增强基因沉默的特异性并降低脱靶效应。本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分:

1. Human OTP Druggable Subset:2781 genes。可分为以下8个亚文库。

a. Kinase:针对人的715个Kinase基因的siRNA亚文库。

b. GPCR:针对人的390个GPCR基因的siRNA亚文库。

c. Phosphatase:针对人的254个Phosphatase基因的siRNA亚文库。

d. Ion channels:针对人的352个Ion channels基因的siRNA亚文库。

e. Protease:针对人的478个Protease基因的siRNA亚文库。

f. Ubiquitin Conjugation Subset 1:包含针对人Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等88个基因的siRNA亚文库。

g. Ubiquitin Conjugation Subset 2:包含针对人F-box和SOCS box E3 Ligases等115个基因的siRNA亚文库。

h. Ubiquitin Conjugation Subset 3:包含针对人RING finger 和 RING finger-like E3 Ligases等389个基因的siRNA亚文库。

2. Human OTP Drug Target:4786 genes。包含与人的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。

3. Human OTP Remaining genome collection:10537 genes。包含针对人基因组中其余基因的siRNA文库。

B. Mouse siGenome全基因组siRNA文库:19061 genes。

本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分:

1. Mouse Druggable Subset:2869 genes。可分为以下8个亚文库。

a. Kinase:针对小鼠的710个Kinase基因的siRNA亚文库。

b. GPCR:针对小鼠的515个GPCR基因的siRNA亚文库。

c. Phosphatase:针对小鼠的262个Phosphatase基因的siRNA亚文库。

d. Ion channels:针对小鼠的339个Ion channels基因的siRNA亚文库。

e. Protease:针对小鼠的532个Protease基因的siRNA亚文库。

f. Ubiquitin Conjugation Subset 1:包含针对小鼠Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等79个基因的siRNA亚文库。

g. Ubiquitin Conjugation Subset 2:包含针对小鼠F-box和SOCS box E3 Ligases等102个基因的siRNA亚文库。

h. Ubiquitin Conjugation Subset 3:包含针对小鼠RING finger和RING finger-like E3 Ligases等330个基因的siRNA亚文库。

2. Mouse Drug Target:7100 genes。包含与小鼠的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。

3. Mouse Remaining genome collection:9092 genes。包含针对小鼠基因组中其余基因的siRNA文库。

 

威斯腾实验服务流程


威斯腾生物服务项目

分子生物学检测蛋白质与免疫学动物实验
实时荧光定量PCR单克隆抗体制备帕金森疾病模型
免疫共沉淀(Co-IP)多克隆抗体制备抑郁症动物模型
ELISA(酶联免疫吸附法)技术Western-blot 实验服务脊髓损伤模型
生化指标检测蛋白双向电泳实验服务脑外损伤模型
双荧光素酶报告基因检测原核蛋白表达纯化骨神经损伤模型
染色质免疫共沉淀(ChIP)真核蛋白表达纯化心肌缺血模型
GST pull DownITRAQ定量蛋白质组学心力衰竭模型
SLAC蛋白组学肺动脉高血压动物模型
高血压模型
病毒包装纯化实验课题整体外包粥样动脉硬化模型
过表达/干扰慢病毒包装纯化整体课题外包大脑中动脉阻塞模型
过表达/干扰腺病毒包装纯化细胞整体实验外包慢性之气管炎模型
逆转录病毒包装纯化动物整体实验外包过敏性哮喘模型
腺相关病毒包装纯化肺炎大鼠模型
肝炎-肝硬化-肝癌模型
蛋白芯片原代细胞培养肝纤维化模型
细胞因子芯片骨髓间充质干细胞培养胆结石模型
生长因子芯片脂肪干细胞培养急性胰腺炎模型
信号通路磷酸化水平检测芯片心肌成纤维细胞培养急性肾衰竭模型
BioPlex悬浮芯片软骨细胞培养体内血栓模型
生长因子芯片血管内皮细胞培养关节炎模型
炎症因子芯片神经元细胞培养I型和II型糖尿病模型
血管生成因子芯片内皮组细胞原代培养裸鼠成瘤
凋亡因子芯片基因编辑动物
趋化因子芯片电生理相关服务动物整体实验服务
HuProt TM 20K人类蛋白组芯片膜片钳实验
细胞生物学高通量测序代谢组学
细胞原代培养mRNA测序气相色谱GC/MS
MTT检测LncRNA测序液相色谱LC/MS
细胞凋亡检测全基因组测序核磁共震NMR
细胞周期检测RNA-Seq测序
细胞克隆形成实验外显子测序影像学相关实验
Transwell细胞迁移/侵袭16s扩增子测序Micro-CT
流式分选Small RNA测序小动物活体成像
CCK8/XTT检测宏基因组测序核磁共振
台盼蓝检测细胞活性单细胞测序PET-CT
药物筛选细胞学实验circleRNA测序
细胞粘附性检测甲基化测序基因编辑动物
细胞划痕实验条件性敲除小鼠/大鼠
细胞生物学整体实验全基因敲除小鼠/大鼠
细胞成管实验
病理学检测CRISPR/Cas9细胞敲除/敲入基因芯片
扫描电镜基因定点突变细胞系LncRNA芯片
透射电镜单基因敲除细胞系miRNA芯片
HE染色多基因敲除细胞系mRNA芯片
免疫组化目的基因敲入细胞系甲基化芯片(限人和小鼠来源样本)
Tunel(原位末端凋亡法)检测报告基因敲入细胞系SNP芯片(限人和小鼠来源样本)
激光共聚焦miRNA/LncRNA敲除细胞系
免疫荧光
Masson染色CRISPR/Cas9动物敲除/敲入科研方案设计与SCI相关服务
原位杂交基因敲除大鼠/小鼠科研文献论著翻译
荧光原位杂交基因敲入大鼠/小鼠SCI论文翻译润色服务
特殊染色(PSA、茜素红、阿尔新蓝等)临床实验/科研实验设计方案指导
行为学检测药物筛选服务项目药效学评价
水迷宫实验高通量自动药物筛选平台神经系统药物药效学评价
旷场实验细胞高内涵药物筛选平台抗肿瘤药物药效学评价
重复性刻板行为检测蛋白质组学靶标研发平台心血管系统药物药效学评价
动物跑台检测分子药理研究平台泌尿系统药物药效学评价
强迫游泳生物膜片钳药物筛选平台内分泌系统药物药效学评价
常规药物体外筛选抗炎免疫药物药效学评价

【本平台合作项目】

分子生物学、细胞生物学、基因敲出/入、模式动物、SPF动物保种、病理学检测、免疫学检测、影像学检测、原代培养、细胞药筛、CRISPR/Cas9基因编辑、基因芯片、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立、SiRNA与纳米载药、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务! 
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