siRNA文库筛选

siRNA文库筛选

    基于siRNA全基因组文库的基因功能研究方法将实现高通量、低成本、超快速的功能研究,将为重要基因功能的筛选,疾病机制研究及药物研发等方面提供新的动力,大大加快人类功能基因组研究计划的进展。

    本平台的siRNA文库购自Thermo Fisher公司的Dharmacon品牌,以SMARTpool的形式保存于384孔板中,每条基因的对应孔位中同时含有4条不同序列的siRNAs(SMARTpool试剂),从而保证产生高效的基因沉默效果。人和小鼠的全基因组siRNA 文库均有,并可提供针对不同常见功能基因群的亚文库。不同文库中所包含的基因列表和位置信息如下:

 

A. Human ON-TARGETplus (OTP) 全基因组siRNA文库:18104 genes。

ON-TARGETplus是Dharmacon独特的siRNA修饰技术,可以增强基因沉默的特异性并降低脱靶效应。本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分:

1. Human OTP Druggable Subset:2781 genes。可分为以下8个亚文库。

a. Kinase:针对人的715个Kinase基因的siRNA亚文库。

b. GPCR:针对人的390个GPCR基因的siRNA亚文库。

c. Phosphatase:针对人的254个Phosphatase基因的siRNA亚文库。

d. Ion channels:针对人的352个Ion channels基因的siRNA亚文库。

e. Protease:针对人的478个Protease基因的siRNA亚文库。

f. Ubiquitin Conjugation Subset 1:包含针对人Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等88个基因的siRNA亚文库。

g. Ubiquitin Conjugation Subset 2:包含针对人F-box和SOCS box E3 Ligases等115个基因的siRNA亚文库。

h. Ubiquitin Conjugation Subset 3:包含针对人RING finger 和 RING finger-like E3 Ligases等389个基因的siRNA亚文库。

2. Human OTP Drug Target:4786 genes。包含与人的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。

3. Human OTP Remaining genome collection:10537 genes。包含针对人基因组中其余基因的siRNA文库。

B. Mouse siGenome全基因组siRNA文库:19061 genes。

本文库分为板孔位分别独立编号的3个部分:

1. Mouse Druggable Subset:2869 genes。可分为以下8个亚文库。

a. Kinase:针对小鼠的710个Kinase基因的siRNA亚文库。

b. GPCR:针对小鼠的515个GPCR基因的siRNA亚文库。

c. Phosphatase:针对小鼠的262个Phosphatase基因的siRNA亚文库。

d. Ion channels:针对小鼠的339个Ion channels基因的siRNA亚文库。

e. Protease:针对小鼠的532个Protease基因的siRNA亚文库。

f. Ubiquitin Conjugation Subset 1:包含针对小鼠Cullin、E1、E2、HECT E3 Ligases等79个基因的siRNA亚文库。

g. Ubiquitin Conjugation Subset 2:包含针对小鼠F-box和SOCS box E3 Ligases等102个基因的siRNA亚文库。

h. Ubiquitin Conjugation Subset 3:包含针对小鼠RING finger和RING finger-like E3 Ligases等330个基因的siRNA亚文库。

2. Mouse Drug Target:7100 genes。包含与小鼠的apoptosis、senesence、nucleic acid binding、autophagy、DNA repair和characterized nuclear receptors相关基因的siRNA文库。

3. Mouse Remaining genome collection:9092 genes。包含针对小鼠基因组中其余基因的siRNA文库。

 【本平台合作项目】

分子诊断、病理诊断、药效学评价、毒理学实验、细胞药筛、动物建模、PDX模型、CRISPR/Cas9基因编辑、病理检测、基因芯片、蛋白组学、代谢组学、高通量测序、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务!
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