扩增子/宏基因组测序

扩增子测序/宏基因组测


扩增子测序

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。
16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目的区域,通过检测目的区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。
16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。

扩增子测序的优势:

采用目前Illumina HiSeq最长测序平台,可以满足16S 1~2个高变区的测序分析。3天内同时完成3,000个16S样本的测序,测序准确度较MiSeq平台提高10%,而拼接效率较MiSeq平台提高25%,以此获得更全面的菌群信息。

扩增子测序操作步骤:

1、研究对象的选取;

2、提取基因组DNA,DNA浓度需要达到5ng/ul,总量需要大于等于150ng;

3、构建PCR-free文库;

4、PE250测序;

5、信息分析  分析内容=标准分析+高级分析,基于目的区域的测序,检测序列丰度,以充分研究环境微生物多样性和群落差异性。

服务周期:

45天左右


宏基因组测序

宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是由 Handelman 提出的一种直接对微生物群体中包含的全部基因组信息进行研究的手段,以特定生境中的整个微生物群落为研究对象,采用高通量测序技术,获得环境微生物基因组信息总和,以研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。之后 Kevin 等对 Metagenomics 进行了定义,即“绕过对微生物个体进行分离培养,应用基因组学技术对自然环境中的微生物群落进行研究”的学科。它规避了对样品中的微生物进行分离培养,提供了对无法分离培养的微生物进行研究的途径,避免了实验过程中由环境改变引起的微生物序列变化所带来的偏差。
近年来,随着测序技术和信息技术的快速发展,利用新一代测序技术(Next Generation Sequencing)研究 Metagenomics,能快速准确的获得大量生物数据和丰富的微生物研究信息,从而成为研究微生物多样性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物与人类疾病健康关系的人体微生物组计划,研究全球微生物组成和分布的全球微生物组计划都主要利用高通量测序技术进行研究。 

产品特色

1.微生物无需分离培养,且通过该技术可以客观还原微生物菌群结构
宏基因组测序技术,无PCR扩增环节,可以避免非特异性扩增问题,并且可以完整呈现微生物菌群的结构。
2.在客观还原菌群结构的基础上,同时可以对群落微生物的功能进行研究
基于16S核糖体的微生物多样性研究方法,可以基于物种丰度进行功能丰度的预测,但是不能更进一步探究微生物的具体功能。而传统的微生物基因组方法,也需要构建大量的克隆筛选文库,才能获得微生物的功能基因。
宏基因组测序可以直接基于环境中的所有微生物的基因序列,进行微生物的基因相关功能研究。

操作流程:

  • 样本制备
  • 样本DNA提取
  • DNA检测
  • 文库构建
  • 文库检测
  • 上机测序

样本要求

常见环境样本(请使用干冰运输)

土壤、淤泥、沉积物>=5g;粪便>=2g;组织样本>=1g

水体送样为过滤后的滤膜(最适滤膜直径3-4cm)

DNA样本(请使用干冰寄送)

样品浓度>=50ng/ul

样品总量>=1.6ug


威斯腾实验服务流程



威斯腾生物服务项目

分子生物学检测蛋白质与免疫学动物实验
实时荧光定量PCR单克隆抗体制备帕金森疾病模型
免疫共沉淀(Co-IP多克隆抗体制备抑郁症动物模型
ELISA(酶联免疫吸附法)技术Western-blot 实验服务脊髓损伤模型
生化指标检测蛋白双向电泳实验服务脑外损伤模型
双荧光素酶报告基因检测原核蛋白表达纯化骨神经损伤模型
染色质免疫共沉淀(ChIP真核蛋白表达纯化心肌缺血模型
GST pull DownITRAQ定量蛋白质组学心力衰竭模型
SLAC蛋白组学肺动脉高血压动物模型
高血压模型
病毒包装实验课题整体外包粥样动脉硬化模型
过表达/干扰慢病毒包装纯化整体课题外包大脑中动脉阻塞模型
过表达/干扰腺病毒包装纯化细胞整体实验外包慢性之气管炎模型
逆转录病毒包装纯化动物整体实验外包过敏性哮喘模型
腺相关病毒包装纯化肺炎大鼠模型
肝炎-肝硬化-肝癌模型
蛋白芯片原代细胞培养肝纤维化模型
细胞因子芯片骨髓间充质干细胞培养胆结石模型
BioPlex悬浮芯片脂肪干细胞培养急性胰腺炎模型
生长因子芯片心肌成纤维细胞培养急性肾衰竭模型
炎症因子芯片软骨细胞培养体内血栓模型
血管生成因子芯片血管内皮细胞培养关节炎模型
凋亡因子芯片神经元细胞培养I型和II型糖尿病模型
趋化因子芯片内皮组细胞原代培养裸鼠成瘤
HuProt TM 20K人类蛋白组芯片基因编辑动物
电生理相关服务动物整体实验服务
膜片钳实验
细胞生物学检测高通量测序代谢组学
细胞原代培养mRNA测序气相色谱GC/MS
MTT检测LncRNA测序液相色谱LC/MS
细胞凋亡检测全基因组测序核磁共震NMR
细胞周期检测RNA-Seq测序
细胞克隆形成实验外显子测序影像学相关实验
Transwell细胞迁移/侵袭16s扩增子测序Micro-CT
流式分选Small RNA测序小动物活体成像
CCK8/XTT检测宏基因组测序核磁共振
台盼蓝检测细胞活性单细胞测序PET-CT
药物筛选细胞学实验circleRNA测序
细胞粘附性检测甲基化测序基因编辑动物
细胞划痕实验条件性敲除小鼠/大鼠
细胞生物学整体实验全基因敲除小鼠/大鼠
细胞成管实验
病理检测CRISPR/Cas9细胞敲除/敲入基因芯片
扫描电镜基因定点突变细胞系LncRNA芯片
透射电镜单基因敲除细胞系miRNA芯片
HE染色多基因敲除细胞系mRNA芯片
免疫组化目的基因敲入细胞系甲基化芯片(限人和小鼠来源样本)
Tunel(原位末端凋亡法)检测报告基因敲入细胞系SNP芯片(限人和小鼠来源样本)
激光共聚焦miRNA/LncRNA敲除细胞系
免疫荧光
Masson染色CRISPR/Cas9动物敲除/敲入科研设计指导&文章评估/润色
原位杂交基因敲除大鼠/小鼠科研文献论著翻译
荧光原位杂交基因敲入大鼠/小鼠论文翻译润色服务
特殊染色(PSA、茜素红、阿尔新蓝等)临床实验/科研实验设计方案指导
行为学检测药物筛选服务项目药效学评价
旷场实验高通量自动药物筛选平台抗肿瘤药物药效学评价
重复性刻板行为检测细胞高内涵药物筛选平台心血管系统药物药效学评价
动物跑台检测蛋白质组学靶标研发平台泌尿系统药物药效学评价
强迫游泳分子药理研究平台内分泌系统药物药效学评价
生物膜片钳药物筛选平台抗炎免疫药物药效学评价
常规药物体外筛选


【本平台合作项目】
分子生物学、细胞生物学、基因敲出/入、模式动物、SPF动物保种、病理学检测、免疫学检测、影像学检测、原代培养、细胞药筛、CRISPR/Cas9基因编辑、基因芯片、高通量测序、蛋白组学、代谢组学、高通量高内涵筛选、药效学评价、药理毒理学实验、慢病毒包装与稳转株建立、SiRNA与纳米载药、ChIP、CO-IP、生物信息学分析、知识产权服务! 
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