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基因组/代谢组学
扩增子测序/宏基因组测序

时间:2020-07-17 17:26:00 浏览:504次


扩增子测序

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。
16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目的区域,通过检测目的区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。
16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。

扩增子测序的优势:

采用目前Illumina HiSeq最长测序平台,可以满足16S 1~2个高变区的测序分析。3天内同时完成3,000个16S样本的测序,测序准确度较MiSeq平台提高10%,而拼接效率较MiSeq平台提高25%,以此获得更全面的菌群信息。

扩增子测序操作步骤:

1、研究对象的选取;

2、提取基因组DNA,DNA浓度需要达到5ng/ul,总量需要大于等于150ng;

3、构建PCR-free文库;

4、PE250测序;

5、信息分析 分析内容=标准分析+高级分析,基于目的区域的测序,检测序列丰度,以充分研究环境微生物多样性和群落差异性。

服务周期:

45天左右


宏基因组测序

宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是由 Handelman 提出的一种直接对微生物群体中包含的全部基因组信息进行研究的手段,以特定生境中的整个微生物群落为研究对象,采用高通量测序技术,获得环境微生物基因组信息总和,以研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能以及代谢通路等。之后 Kevin 等对 Metagenomics 进行了定义,即“绕过对微生物个体进行分离培养,应用基因组学技术对自然环境中的微生物群落进行研究”的学科。它规避了对样品中的微生物进行分离培养,提供了对无法分离培养的微生物进行研究的途径,避免了实验过程中由环境改变引起的微生物序列变化所带来的偏差。
近年来,随着测序技术和信息技术的快速发展,利用新一代测序技术(Next Generation Sequencing)研究 Metagenomics,能快速准确的获得大量生物数据和丰富的微生物研究信息,从而成为研究微生物多样性和群落特征的重要手段。如致力于研究微生物与人类疾病健康关系的人体微生物组计划,研究全球微生物组成和分布的全球微生物组计划都主要利用高通量测序技术进行研究。

产品特色

1.微生物无需分离培养,且通过该技术可以客观还原微生物菌群结构
宏基因组测序技术,无PCR扩增环节,可以避免非特异性扩增问题,并且可以完整呈现微生物菌群的结构。
2.在客观还原菌群结构的基础上,同时可以对群落微生物的功能进行研究
基于16S核糖体的微生物多样性研究方法,可以基于物种丰度进行功能丰度的预测,但是不能更进一步探究微生物的具体功能。而传统的微生物基因组方法,也需要构建大量的克隆筛选文库,才能获得微生物的功能基因。
宏基因组测序可以直接基于环境中的所有微生物的基因序列,进行微生物的基因相关功能研究。

操作流程:

  • 样本制备
  • 样本DNA提取
  • DNA检测
  • 文库构建
  • 文库检测
  • 上机测序

样本要求

常见环境样本(请使用干冰运输)

土壤、淤泥、沉积物>=5g;粪便>=2g;组织样本>=1g

水体送样为过滤后的滤膜(最适滤膜直径3-4cm)

DNA样本(请使用干冰寄送)

样品浓度>=50ng/ul

样品总量>=1.6ug


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过表达/干扰腺病毒包装纯化 细胞整体实验外包 慢性之气管炎模型
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扫描电镜 基因定点突变细胞系 LncRNA芯片
透射电镜 单基因敲除细胞系 miRNA芯片
HE染色 多基因敲除细胞系 mRNA芯片
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免疫荧光
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荧光原位杂交 基因敲入大鼠/小鼠
特殊染色(PSA、茜素红、阿尔新蓝等)
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