iTRAQ 4标 或8标的同位素标记试剂由4种相对分子质量分别为114，115，116和117Da或8种相对分子质量分别为113 ，114 ，115，116，117，118，119 和121Da的报告基团（reporter group），相对分子质量分别为31~24Da的质量平衡基团（balance group）以及一个相同的肽反应标记试剂基 团（peptide reactive group）组成。不同的报告基团分别与相应的平衡基团相配后，相对分子质量均为145，即等量异位标签（isobaric tag）

SILAC的是分别用天然同位素(轻型)或稳定同位素(重型)标记的必需氨基酸取代细胞培养基中相应氨基酸，细胞经5-6个倍增周期后，稳定同位素的氨基酸完全掺入到细胞新合成的蛋白质中替代了原有氨基酸。不同标记细胞的裂解蛋白按细胞数或蛋白量等比例混合，经分离、纯化后进行质谱鉴定。

Label free是—蛋白质非标记标记技术越来越受到关注，它克服了传统的同位素标记的缺点，即过高的样品浓度, 复杂的实验方案及价格过高的原料等，该方法具有速度更快，更简洁及更简明的结果等优点，大有取代同位素标记技术。

SWATH 采集模式是一种新型的 MS/MS 扫描技术，属于数据非依赖型采集方式（Data-independent acquisition，DIA）。DIA按照设定的方法，将所有的母离子都进行串联质谱扫描。SWATH 根据酶解肽段的质荷比和洗脱时间来设计采集二级谱图的离子窗口。以扫描范围 400～1200 为例，m/z 25 作为一个扫描间隔（SWATH），每个 SWATH 扫描时间设定为100ms，那么该扫描范围累计需要 32个扫描窗口，完成一次扫描仅需要 3.2秒。

蛋白质经过蛋白酶的酶切消化后成肽段混合物，在质谱仪中肽段混合物电离形成带电离子，质谱分析器的电场、磁场将具有特定质量与电荷比值（即质荷比，M/Z）的肽段离子分离开来，经过检测器收集分离的离子，确定每个离子的M/Z值。经过质量分析器可分析出每个肽段的M/Z，得到蛋白质所有肽段的M/Z图谱，即蛋白质的一级质谱峰图。