与常规Co-IP实验类似，只是亲和纯化法可不用引入抗体。将标签（如SBP）与特定基因融合表达，融合蛋白用链霉亲和素（strep）磁珠亲和纯化，经生物素洗脱，即可得到蛋白复合物。将实验组和对照组的洗脱蛋白分别做质谱，在实验组结果中扣除对照组中的蛋白，即可鉴定出与靶蛋白互作的蛋白。

免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。 是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。 细胞在非变性条件下被裂解时，细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在argarose beads或者magnetic beads上的蛋白质A的抗体免疫沉淀A蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。

GST-Pulldown实验的基本原理是将bait protein-GST融合蛋白亲和固化在谷胱甘肽亲和树脂上，作为与目的蛋白亲和的支撑物，目的蛋白溶液（或cell lysate）过柱，可从中捕获与之相互作用的Prey Protein(目的蛋白)，洗脱结合物后通过SDS-PAGE电泳分析,从而证实两种蛋白间的相互作用或筛选相应的目的蛋白。bait protein和Prey Protein均可通过细胞裂解物、纯化蛋白、表达系统以及体外转录翻译系统等方法获得。此方法简单易行,操作方便，但需要制备足够量的可溶性

荧光共定位（Fluorescence co-localization）是对样品内两种荧光标记的信号共同分布的位置进行分析，通常有“基因-标签”融合蛋白表达和免疫荧光两种方式。共定位就如字面意思上所说的，只能够表明蛋白A和B都在此细胞有表达，并且在同样的细胞内位置/细胞器，是说明两个蛋白存在直接或间接相互作用的细胞学佐证，这个技术一般用于细胞内辅助证明蛋白相互作用，可以作为其他蛋白质相互作用研究方法的辅助检测手段。

HuProt TM 20K人类蛋白组芯片，是迄今国际最高通量的蛋白芯片，芯片上有19,394 种人类全长蛋白质，覆盖75%的人类基因组ORF区。重组蛋白采用酵母表达系统，逐个进行表达与纯化鉴定。在芯片上每个蛋白质均设置技术重复，并设有多个质控点，确保实验体系稳定可靠。