时间:2020-07-20 14:40:00 浏览:40041次
一、lncRNA芯片
长链非编码RNA(long non-coding RNA,
lncRNA) 指的是长度在200-100000
nt之间的RNA分子,它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。人们对lncRNA的认识还处在初级阶段,lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切的关系。lncRNA的种类远远超过编码RNA,哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%)。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。
lncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法(SELEX等)效率低下,假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点,因此用基因芯片来筛选lncRNA是一种准确快捷的方法。
二、lncRNA技术特点:
1)目前市面上探针密度最高的lncRNA芯片产品;
2)芯片采用Agilent
eArray平台设计,使用Agilent
SurePrint技术合成,技术重复性高于99%;
3)覆盖主流数据库所有lncRNA,可同时检测lncRNA和mRNA,并挖掘两者之间的关联;
4)检出率高:随机引物扩增方式,可同时扩增带Ploy-A和不带Poly-A的lncRNA,确保更多的
lncRNA被检测出来;
5)提供完整lncRNA芯片数据分析解决方案。
三、lncRNA芯片服务流程:
1、总RNA提取;
2、反转录合成cDNA;
3、体外转录合成cRNA;
4、随机引物合成正义链cDNA
5、DNA片段化,生物素标记;
6、芯片杂交、洗涤、染色、扫描。
四、样本要求:细胞、新鲜组织或总RNA样品
1、提取RNA量≥1ug;
2、细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)直接液氮冻存后,-80℃保存。
3、样品运输:细胞或者组织样品;或者总RNA样本置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。
五、应用:
筛选差异表达的lncRNA和mRNA、lncRNA功能注释、lncRNA调控机制预测
六、服务流程
七、服务项目
分子生物学类 | 蛋白质与免疫学 | 动物实验 |
实时荧光定量PCR | 单克隆抗体制备 | 帕金森疾病模型 |
免疫共沉淀(Co-IP) | 多克隆抗体制备 | 抑郁症动物模型 |
ELISA(酶联免疫吸附法)技术 | Western-blot 实验服务 | 脊髓损伤模型 |
生化指标检测 | 蛋白双向电泳实验服务 | 脑外损伤模型 |
双荧光素酶报告基因检测 | 原核蛋白表达纯化 | 骨神经损伤模型 |
染色质免疫共沉淀(ChIP) | 真核蛋白表达纯化 | 心肌缺血模型 |
GST pull Down | ITRAQ定量蛋白质组学 | 心力衰竭模型 |
SLAC蛋白组学 | 肺动脉高血压动物模型 | |
高血压模型 | ||
病毒类 | 实验课题整体外包 | 粥样动脉硬化模型 |
过表达/干扰慢病毒包装纯化 | 整体课题外包 | 大脑中动脉阻塞模型 |
过表达/干扰腺病毒包装纯化 | 细胞整体实验外包 | 慢性之气管炎模型 |
逆转录病毒包装纯化 | 动物整体实验外包 | 过敏性哮喘模型 |
腺相关病毒包装纯化 | 肺炎大鼠模型 | |
肝炎-肝硬化-肝癌模型 | ||
蛋白芯片 | 原代细胞培养 | 肝纤维化模型 |
细胞因子芯片 | 骨髓间充质干细胞培养 | 胆结石模型 |
生长因子芯片 | 脂肪干细胞培养 | 急性胰腺炎模型 |
信号通路磷酸化水平检测芯片 | 心肌成纤维细胞培养 | 急性肾衰竭模型 |
BioPlex悬浮芯片 | 软骨细胞培养 | 体内血栓模型 |
生长因子芯片 | 血管内皮细胞培养 | 关节炎模型 |
炎症因子芯片 | 神经元细胞培养 | I型和II型糖尿病模型 |
血管生成因子芯片 | 内皮组细胞原代培养 | 裸鼠成瘤 |
凋亡因子芯片 | 基因编辑动物 | |
趋化因子芯片 | 电生理相关服务 | 动物整体实验服务 |
HuProt TM 20K人类蛋白组芯片 | 膜片钳实验 | |
细胞生物学 | 高通量测序 | 代谢组学 |
细胞原代培养 | mRNA测序 | 气相色谱GC/MS |
MTT检测 | LncRNA测序 | 液相色谱LC/MS |
细胞凋亡检测 | 全基因组测序 | 核磁共震NMR |
细胞周期检测 | RNA-Seq测序 | |
细胞克隆形成实验 | 外显子测序 | 影像学相关实验 |
Transwell细胞迁移/侵袭 | 16s扩增子测序 | Micro-CT |
流式分选 | Small RNA测序 | 小动物活体成像 |
CCK8/XTT检测 | 宏基因组测序 | 核磁共振 |
台盼蓝检测细胞活性 | 单细胞测序 | PET-CT |
药物筛选细胞学实验 | circleRNA测序 | |
细胞粘附性检测 | 甲基化测序 | 基因编辑动物 |
细胞划痕实验 | 条件性敲除小鼠/大鼠 | |
细胞生物学整体实验 | 全基因敲除小鼠/大鼠 | |
细胞成管实验 | ||
病理类 | CRISPR/Cas9细胞敲除/敲入 | 基因芯片 |
扫描电镜 | 基因定点突变细胞系 | LncRNA芯片 |
透射电镜 | 单基因敲除细胞系 | miRNA芯片 |
HE染色 | 多基因敲除细胞系 | mRNA芯片 |
免疫组化 | 目的基因敲入细胞系 | 甲基化芯片(限人和小鼠来源样本) |
Tunel(原位末端凋亡法)检测 | 报告基因敲入细胞系 | SNP芯片(限人和小鼠来源样本) |
激光共聚焦 | miRNA/LncRNA敲除细胞系 | |
免疫荧光 | ||
Masson染色 | CRISPR/Cas9动物敲除/敲入 |
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原位杂交 | 基因敲除大鼠/小鼠 | |
荧光原位杂交 | 基因敲入大鼠/小鼠 |
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特殊染色(PSA、茜素红、阿尔新蓝等) |
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行为学检测 | 药物筛选服务项目 | 药效学评价 |
水迷宫实验 | 高通量自动药物筛选平台 | 神经系统药物药效学评价 |
旷场实验 | 细胞高内涵药物筛选平台 | 抗肿瘤药物药效学评价 |
重复性刻板行为检测 | 蛋白质组学靶标研发平台 | 心血管系统药物药效学评价 |
动物跑台检测 | 分子药理研究平台 | 泌尿系统药物药效学评价 |
强迫游泳 | 生物膜片钳药物筛选平台 | 内分泌系统药物药效学评价 |
常规药物体外筛选 | 抗炎免疫药物药效学评价 |
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