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基因组/代谢组学
lncRNA测序

时间:2020-07-21 15:06:00 浏览:607次


长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA通过与DNARNA或蛋白质结合,在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达,与人类疾病发生发展有密切联系。lncRNA-seq主要分析研究细胞或者组织在某个特定时期转录出的所有lncRNAmRNA


技术路线

案例分析

采用RNA-seq测序技术,对14个中国前列腺癌病人的转录组进行全面分析,结果在每个样本中平均发现了1599个已知的lncRNA。通过肿瘤样本和正常样本进行分析,发现了406个有差异表达的lncRNA。该研究找到了中国人群特异的融合基因,同时还鉴定了大量的差异表达的lncRNA。通过对lncRNA和基因表达的关系分析显示,lncRNA有可能有转录调控之外的其他功能。这些研究结果为进一步了解前列腺癌的诊断、发病演化机制和种族差异性提供了新的线索。

1 137个差异表达的lncRNA对基因表达的分析

2 lncRNA中的DD3FR0257520FR0348383MALAT1在前列腺癌和正常对比


参考文献

[1]Lin M F, Regev A, Pauli A, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. 2013.

[2]Ren S, Peng Z, Mao J H, et al. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings[J]. Cell research, 2012, 22(5): 806-821.

[3]Pauli A, Valen E, Lin M F, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. Genome Research, 2012, 22(3): 577-591.